网站的目录是指你建立网站时创建的目录。例如：在用frontpage98建立网站时都默认建立了根目录和images(存放图片)子目录。目录结构的好坏，对浏览者来说并没有什么太大的感觉，但是对于站点本身的上传维护，内容未来的扩充和移植有着重要的影响。下面是建立目录结构的一些建议：
1、不要将所有文件都存放在根目录下，会造成文件管理混乱
你常常搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，影响工作效率。另外，上传速度慢。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当您将所有文件都放在根目录下，那么即使你只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。所以，尽可能减少根目录的文件存放数。
2、按栏目内容建立子目录
子目录的建立，首先按主菜单栏目建立。例如:企业站点可以按公司简介，产品介绍，价格，在线定单，反馈联系等建立相应目录。其他的次要栏目，类似what's new，友情连接内容较多，需要经常更新的可以建立独立的子目录。而一些相关性强，不需要经常更新的栏目，例如：关于本站，关于站长，站点经历等可以合并放在一个统一目录下。所有程序一般都存放在特定目录。例如：CGI程序放在cgi-bin目录。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。
3、在每个主栏目目录下都建立独立的images目录
为每个主栏目建立一个独立的images目录是最方便管理的。而根目录下的images目录只是用来放首页和一些次要栏目的图片。
4、目录的层次不要太深
目录的层次建议不要超过3层，维护管理方便。
5、不要使用中文目录
6、不要使用过长的目录
五、确定网站的链接结构
网站的链接结构是指页面之间相互链接的拓扑结构。它建立在目录结构基础之上，但可以跨越目录。建立网站的链接结构有两种基本方式：
1、树状链接结构
类似DOS的目录结构，首页链接指向一级页面，一级页面链接指向二级页面。这样的链接结构浏览时，一级级进入，一级级退出。优点是条理清晰，访问者明确知道自己在什么位置，不会"迷"路。缺点是浏览效率低，一个栏目下的子页面到另一个栏目下的子页面，必须绕经首页。
2、星状链接结构
类似网络服务器的链接，每个页面相互之间都建立有链接。这种链接结构的优点是浏览方便，随时可以到达自己喜欢的页面。缺点是链接太多，容易使浏览者迷路，搞不清自己在什么位置，看了多少内容。
这两种基本结构都只是理想方式，在实际的网站设计中，总是将这两种结构混合起来使用，达到比较理想的效果。比较好的方案是：首页和一级页面之间用星状链接结构，一级和以下各级页面之间用树状链接结构。