周鸿祎还强调免费带来的品牌效应也不可小觑
这段经历一直让后来的周耿耿于怀。他说，为了打败当时最大的竞争对手百度而把3721低价卖给了雅虎“至少是一个10亿美元的教训”，在雅虎中国期间，虽然身份是职业经理人，但骨子里他从来都把自己当成创业者。这种心态令他带领着团队在市场中拼杀，终使雅虎在中国的业务在2004年、2005年达到了一个前所未有的高度：搜索超过谷歌，即时通信进入第一梯队。
2005年8月，周鸿祎任职期满离开雅虎中国，以投资合伙人的身份加盟了IDGVC。其后，周陆续投资了奇虎、迅雷、火石、Discuz！、迅游、酷狗等项目，这些项目目前在安全、下载、论坛搭建、网游加速、在线音乐播放等领域已经成为数一数二的品牌。
但周鸿祎还是没有找到感觉，他是战士，站在幕后成就别人是他忍受不了的。
伴随着360的出现，反流氓软件迅速成为一场公共事件，以插件为主的流氓软件开始快速消亡。从那以后，周鸿祎把这款免费软件当成了长期的事业。他把360定位于更高层次的安全服务平台：除了流氓软件之外，市面上层出不穷的木马、钓鱼网站也成为它查杀的对象。他说，360一直到今天也没有探索出商业模式，但他坚信，一个软件如果每个人都在用，大家都很喜欢，总是能找到一个商业机会。
周鸿祎的后期格局逐渐浮出地表。多年以后，周鸿祎回忆起360的快速崛起时认为，它不是360的胜利，而是整个网民的胜利。这场胜利，也无意中给了他一个非常重要的经验，“从那以后，我从不自觉地去做到现在非常自觉地去做，永远把用户利益摆在第一位”。因为他现在在推的360免费模式，有一个重要的前提就是庞大的用户群，“你有一个巨大的用户群之后，你踏进用户的成本几乎为零。”而庞大用户群能否产生，关键点恰恰在于你的平台能否给用户提供足够满意的使用体验。
然而，尽管周鸿祎一再表示对流氓软件“六亲不认”、对基础安全产品分文不收、对所有用户关怀备至，直到今天，周仍未彻底摆脱恶名，甚至陷入新的口水战中。他和360与被“革了命”的瑞星、金山明争暗斗的段子俯拾皆是，用周的话来说，“无数人拿着放大镜和显微镜在看360，希望出点错”。为了不授人话柄，周鸿祎甚至将360源代码托管到中国信息安全测评中心。
周鸿祎还强调，除了增值服务，“免费”模式带来的品牌效应也不可小觑。他曾向张朝阳夸搜狐的搜狗输入法挺好，张说不挣钱。“但是你想想，搜狗通过一个软件每年花钱让大家去用，它给搜狐建立了一个品牌。张朝阳如果拿同样的钱去打广告，效果远远不如做一个好的产品。这就是品牌的价值，包括以后在后续营销中进入良性循环。QQ的财报为什么很好？因为它只挣钱，不花钱。花钱就是招聘员工、弄服务器，基本上没有营销成本，但是中国很多的传统企业中，营销成本占了多少？”
从奇虎社区搜索到360安全卫士，再到360平台，周鸿祎的计划很完美，环环相扣，像一串排布好的多米诺骨牌，只要碰倒了头一张就会不停地连动，一直到终点。他希望这个终点是把红旗插上纽交所，这一天，他期待了很多年。
跳板马化腾
2010年下半年，360与腾讯QQ那场旷日持久的战争，让周鸿祎更加坚定了用户体验第一的信念。事实证明，腾讯作出“艰难的决定”后，360并没有像大多数分析师预言的那样，“在几个月之内倒下”。
2010年11月3日，腾讯发布公告，在装有360软件的电脑上停止运行QQ软件。这个决定让周鸿祎脊背发凉，他知道，这是马化腾要“下他的墙”。周鸿祎没想到这么快就到了图穷匕首见的地步，最令他懊恼的是，自己造成的这个局面却无力挽回，他回不去了。
2010年11月11日，光棍节，3Q大战接近尾声。周鸿祎被工信部叫去“谈话”，短短的一个小时时间，让外界浮想联翩。随即，工信部要求双方立即无条件放弃对用户的胁迫行为。而此时距肉搏战已过去一周，双方都平和了好多。周鸿祎笃信马化腾和他一样，不再希望得到什么，也不再害怕失去什么。周鸿祎努力让自己回到无欲无求的状态。