先用上好的黄豆制成水豆腐，然后把白嫩的水豆腐压制成白白的豆腐干子；再把豆腐干加入到一种卤液中。此处的卤液是最有讲究的，需要用隔年留下的烂咸菜汁做成，纯绿色、纯天然，没有添加任何色素，散发出来的是很自然的臭味。把盛放的坛子封好口，再埋到地底下，数天之后取出，白豆腐已成青墨色的臭豆腐干了。掰开豆腐干，可以看到从里面到外面，都是青墨色，闻闻奇臭，炸熟后入口却又是奇香无比。这种地道的臭豆腐，近年来已经快在市场上绝迹，出售的多是些仿制的赝品。
[市面上的黑心制作坊]
臭豆腐分黑、黄两种，制作黑臭豆腐，要先将豆腐浸泡到臭卤水里，臭卤水是将腐肉、市场回收的死田螺、臭鸡蛋、咸菜和潲水搅和在一起发酵制出来的。如果卤水不够黑臭，要将硫化碱、硫酸亚铁按比例兑水搅和，经化学反应后，水就会变得更黑更臭。“为了缩短制作时间，现在很多臭豆腐摊主几乎都放硫化碱和硫酸亚铁。这样两个小时就可以熬成卤水，而自然发酵至少要等三四天。”
卤水熬好后，先将豆腐放里面泡半个小时到发臭，再将泡好的臭豆腐放油锅里炸，炸好后捞出来放在通风处晾干，黑臭豆腐就是这样做出来的。在摊位上卖时，加上佐料热一下，这样的臭豆腐远闻臭、吃着香。
黄臭豆腐是在卤水里添加少量硼砂取代硫化碱和硫酸亚铁，这样泡出来的豆腐泡又黄又松脆。