慢性乙肝的治疗尚是世界性的难题，目前没有特效药可以根治乙肝。美国食品和药物管理局（FDA）批准的用于治疗慢性乙肝的药物，截止到目前共有三种，即：α-干扰素、拉米夫定（商品名贺普丁）、阿地福韦（此药尚未在中国上市）。可能有效、但未被FDA批准用于治疗乙肝的药物有：胸腺汰α1（商品名日达仙）。已经被淘汰的对乙肝有治疗作用的药物有：阿昔洛韦、泛昔
洛韦、阿糖腺苷及其衍生物、甲酸钠等。总之，目前国内用于治疗乙肝的主要抗病毒药物为干扰素和拉米夫定，干扰素为首选药。
　　 干扰素的使用标准为：ALT在80与400之间，病毒无前C区变异（即小三阳+HBV-DNA阳性），直接胆红素正常、间接胆红素基本正常，HBV-DNA阳性。
　　 拉米夫定的使用标准为：ALT>80，HBV-DNA阳性。
　　 如果同时满足干扰素和拉米夫定的使用条件，应使用干扰素。
　　 在一些不典型的情况下（如ALT在40与80之间、肝功正常但B超结果不断恶化、ALT正常但球蛋白升高），建议进行肝穿，如果炎症分级在G2-G4，同样需要进行抗病毒治疗。
　　 干扰素和拉米夫定的停药
　　 干扰素的疗程一般为半年，如疗效不好，可以延长到一年，如果疗效仍然不好，可以停药。拉米夫定的停药比较复杂。在治疗野生病毒株（即大三阳或15阳）时，如达到小三阳+DNA阴性+肝功正常并保持半年的，可以停药。在治疗前C区变异病毒株（即小三阳+DNA阳性）时，没有明确的停药标准，一般认为起码应服药两年同时DNA阴性并肝功正常时，才能考虑停药问题。发生YMDD变异后，具体应对方法可参见2001年拉米夫定临床应用专家共识。
　　 保肝药物的使用
　　 原则是，一般非紧急情况，不建议使用保肝药物。使用保肝药物的前提是：ALT>400持续一周以上、胆红素严重不正常持续一周以上。目前常用的保肝药物为甘力欣或肝炎灵，都存在停药后易反弹的问题，所以停药时必须谨慎，以逐步减少用量为宜。