（一）本病主要诊断依据
流行病学资料、临床表现、实验室检查、确诊时须有病原学的检查依据。
1、好发于夏秋季节；2、以儿童为主要发病对象，常在婴幼儿集聚的场所发生，呈流行趋势。3、临床主要表现为初起发热，白细胞总数轻度升高，继而口腔、手、足等部位粘膜、皮肤出现斑丘疹及疱疹样损害。4、病程较短，多在一周内痊愈。
（二）实验室诊断
常用的分离方法有细胞接种和乳鼠接种。1998年人们开始用人肺系细胞(MRC-5)分离Cox A16等毒株，其敏感性好且接种病毒后出现细胞病变较快。人源细胞如W1-38、横纹肌瘤细胞(RD)也都可用于病毒分离。RD细胞支持大多数柯萨奇A组病毒复制，但一般要经过2次以上传代才出现明显病变，若在使用RD 细胞分离的同时再增加1株L20B或Hep-2细胞，可提高肠道病毒的分离率。为提高细胞对肠道病毒的敏感性，还可在细胞接种前用50μg/ml的5-碘脱氧尿嘧啶处理3天。对一些不能在细胞上生长的病毒，可用乳鼠接种分离病毒。埃可病毒一般不引起乳鼠发病,多由脑脊液分离,粪便中不易检出。
肠道病毒型特异性鉴定主要靠血清中和实验，LMB组合血清可大大简化鉴定过程，但是有些毒株的中和作用不稳定，仍需由单价血清来鉴定，另一要注意的是病毒颗粒的集聚会影响中和效果，如EV 71的中和实验就需要使用单个分散的病毒。
近年来，PCR 技术已成为诊断肠道病毒感染最常用的一种方法。PCR测序技术则可用于肠道病毒分型。
手足口病抗体检测的最常用方法目前仍是中和实验，该方法精确且具有型特异性。
六、预防原则
（一）加强监测，提高监测敏感性是控制本病流行的关键。及时采集合格标本，明确病原学诊断；
（二）做好疫情报告，及时发现病人，积极采取预防措施，防止疾病蔓延扩散；
（三）托幼机构做好晨间体检，发现疑似病人，及时隔离治疗；
（四）被污染的日用品及食具等应消毒，患儿粪便及排泄物用3％漂白粉澄清液浸泡，衣物置阳光下暴晒，室内保持通风换气；
（五）流行时, 做好环境、食品卫生和个人卫生；
（六）饭前便后要洗手，预防病从口入；
（七）家长尽量少让孩子到拥挤公共场所，减少被感染机会；
（八）注意婴幼儿的营养、休息，避免日光曝晒,防止过度疲劳，降低机体抵抗力；
（九）医院加强预诊，设立专门诊室，严防交叉感染。