城乡户籍制度对教育的影响显著：在农业户口的居民中，拥有大学本科学历的人口仅占0.7%，达到初中教育以上水平的不足20%。而在非农业户口的人中，对应的比例分别为12.3%和85%。
　　 全国人大代表、湖南省教育厅厅长张放平认为，农村人口受教育水平越来越高，这一点应该肯定，只是相对城市而言，差距有扩大的趋势。比如考大学，农村孩子仅外语这一项就与城市学生有较大的差别，“这样就不公平”。
　　 城乡教育的差距有多种表现，王石齐代表将之归结为“国家资源配置的不合理”。王石齐是湖南省邵阳县一所民办中学的校长，他说，县城的好老师80%都往市区和省城流走了，乡村中学的老师就往县城流动，“就像割韭菜，长一截就割一截，最后就矮化了”。
　　 很多代表对温家宝总理在今年年初谈及农村教育问题时，说过的一段话记忆犹新。总理说：“有个现象值得我们注意，过去我们上大学的时候，班里农村的孩子几乎占到80%，甚至还要高，现在不同了，农村学生的比重下降了。这是我常想的一件事情。本来经济社会发展了，农民收入逐步提高了，农村孩子上学的机会多了，但是他们上高职、上大学的比重却下降了。”
　　 教育学者杨东平主持的一项国家教育科学规划“十五”课题在2005年曾发布报告称，近年来，重点大学聚集了越来越多的城市生源，如清华大学、北京大学和北京师范大学等国家重点大学，在20世纪90年代以来招收的新生中，农村学生的比例呈下降趋势，其中北师大的农村学生比例从1998年的 30.9%下降到了2002年的22.3%。新增加的来自农村的大学生主要分布在非重点的地方院校。
　　 该报告分析，中国户籍制度的核心不是居住地的记录，而是和居民的城乡身份相联系的资源配置制度，因而成为影响教育资源分配和教育水平分布的重要变量。调查数据显示：在完成初中教育后，城市户籍人口中有67.1%的人能够继续升学，并有15.9%的人达到大学及以上学历。而在农村户籍人口中，对应的比例则下滑到了26.8%和3%。